会社制度は、もっとも一般的な法人制度で、法人格がある。事業化を前提とした研究開発型ジョイントベンチャー組織として用いられることがあるが、収益を生まない研究開発期間が長引くと、欠損金が累積して、財務状態が悪化し、資金調達や上場に支障が生じることがある。

日本版LLPは、パススルー（構成員）課税が認められるというメリットがある。ＬＬＰの事業で利益が生じた場合はＬＬＰ段階で法人課税はされず、出資者への利益分配に直接課税され（二重課税の回避）、損失が生じた場合には、出資の価額を基礎として定められる一定額の範囲内で構成員（出資者）の他の所得と損益通算が可能。設立が簡単で、柔軟な運営ができるので、少人数での事業に適している。ただし、法人格がない。

法人格があり、組合員は拠出金の費用処理が可能。非出資組織のため脱退組合員に持分を払い戻す必要がなく、長期間を要する研究開発においても安定的に行うことが可能。業務範囲は共同研究等に限定されるが、研究開発終了後に会社化すれば、研究成果の円滑な事業化が可能で、欠損金の累積なく、事業を開始できる。ただし、認可法人であるため、主務官庁に対する認可申請や届出が必要。